С появлением в Таганроге железнодорожной ветки и развитием промышленности начали активно застраиваться городские окраины. За чертой города была устроена Ярмарочная площадь. Здесь, по предложению купца Афанасия Белова, было выбрано место для строительства церкви. В 1865 году городское общество безвозмездно предоставило земельный участок для строительства в этом месте храма, дома для причта и школы.
Строительство началось в апреле 1868 года, а в 1877 году в ней начались богослужения. Церковь была освящена в честь Архангела Михаила. Церковь располагалось на краю площади и закрепляло перекресток улиц. Крытое железом, длинное каменное здание церкви, в плане напоминающее крест, имело пять глав и шестую колокольню. Шесть установленных на звоннице колоколов имели общий вес 500 пудов, из них самый большой достигал веса в 400 пудов. Здание храма обнесли металлической оградой, установленной на каменном фундаменте.
Стараниями старосты Якова Гутника при храме устроили богато оборудованную церковно-приходскую школу, считавшуюся лучшей в городе. Для священнослужителей, недалеко по Александровской улице, имелся специально приспособленный дом.
Первым священником во вновь построенную церковь назначили Василия Анастасьевича Бандакова, вторым священником стал Иван Иванович Якимовский. Протоиерей Василий Бандаков являлся одним из самых ярких священников конца 19 века, оставивший после себя большое наследие в виде проповедей.
Бандаков Василий Анастасьевич (1808 — 1890) протоиерей, настоятель Таганрогского Михаило-Архангельского храма, проповедник и духовный писатель. Из Кишиневской епархии поступил в Киевскую духовную академию, откуда выпустился в 1837 году. Вследствие решительного, смелого и правдивого характера много перенес в жизни гонений. До принятия священного сана так бедствовал, что ему приходилось браться за черную работу, которую он мог выносить благодаря крепкому телосложению.
Став священником сохранил прежний прямой характер, его часто перемещали с одного прихода на другой (https://drevo-info.ru/articles/22430.html).
О том, как выглядел отец настоятель, вспоминал П.П. Филевский: «Он был довольно большого роста, прекрасного сложения, крупные и грубоватые даже черты его лица обрамлялись большими седыми волосами и большой совершенно белою бородою. Наружность чрезвычайно внушительная и, как и его проповеди, сильно напоминавшая ветхозаветных пророков… Его хриплый драматический голос и полные достоинства манеры и движения усиливали значение проповеди и неотразимо действовали…»
Значительную часть паствы в окраинной церкви составляли бедняки. Полуголодные, неграмотные, они часто приходили в храм просто потому, что так положено. Отцу Василию приходилось растолковывать им самые простые вещи. В «Поучении о внимании в церкви» он спрашивал: «Понимаешь ли ты, что читают в церкви?» И сам отвечал: «К прискорбию, ты ничего не понимаешь… Ты говоришь: «Я человек тёмный, неучёный». Почему ты не научился понимать, не выучился читать? Для чего же Бог дал тебе разум? Когда ты получаешь письмо от сына, который находится на чужбине, то ты ищешь знающего прочитать письмо, ты прислушиваешься, плачешь и радуешься. А когда тебе читают Божие писание о том, какою дорогою можно тебе войти в рай, понять всё это ты не стараешься». В.А. Бандаков познакомился, а затем и подружился с Чеховыми. Он считал, что благочестивое семейство должно напоминать монастырь. «Отец не есть ли в доме тот же игумен, которому все повинуются, — все дети и прислуга следуют его наставлениям; и что такое мать, как не тот же эконом, который заведывает всеми домашними припасами, кухнею, погребом, огородом и садом?» Свой идеал, не раз описанный в поучениях, отец Василий, вероятно, увидел в Чеховых.
Популярность Бандакова росла. Он получал награды от правительства. 31 января 1881 года о. Василий писал «дорогим Богомольцам» Чеховым: «Тысяч 30 книг разошлись, – столько же на лицо есть печатных, – и ещё Х, ХI и XII томы хочу написать, и больше не стану, жаль – ещё томов на 12 черновых после моей смерти останутся. Теперь по три человека складываются и покупают томами – и мужики, и солдаты. Хотел бы внесть большую часть денег в Совет Миссионерского общества, частицу сыну и частицу дочери. Увы! Мне ныне 72 года, вот я спешу с книгами».
До конца жизни Василий Анастасьевич был верен своему долгу и оставался на своём посту, несмотря на возраст и болезни. Весной 1887 года А.П. Чехов присутствовал на Пасхальной службе, которую вёл о. Василий.
В 1890 году отец Василий скончался. 18 января 1890 г. М.Е. Чехов сообщал брату: «Сегодня мы похоронили любимого нами Священника Протоиерея Отца Василия Бандакова. Горе наше великое мешает выразить те скорбные чувства, которые мы переживаем…»
Погребение происходило в ограде Архангело-Михайловской церкви при огромном стечении народа. Настоятель Успенского собора о. Фёдор Покровский сказал при отпевании: «Освещая силою своего слова, подобно молнии, самые тёмные стороны человеческой жизни, ревностный и даровитый проповедник, то громил с воодушевлением пророка упорных грешников Страшным Судом Божиим, то, как любящий отец, запрещал, умолял оставить путь нечестия и обратиться на стезю добродетели. Истинно тебе дана была благодать глаголом жечь сердца людей…»(http://pravtaganrog.ru/on-ne-boyalsya-govorit-pravdu/).
В разное время в храме служили священниками, Николай Аркадьевич Ляшевский , Петр Дмитревский, Ф. Жолткевич, И. Викторовский, М. Белый, П. Лавров. Из дьяконов, долгое время прослуживших в храме, известны Софрон Харламов и Михаил Хоцинский.
Первым старостой избрали Митрофана Егоровича Чехова, дядю Антона Павловича Чехова. Прихожанином храма являлся известный краевед Павел Петрович Филевский. В 1881 году в Михайловской церкви крестили двоюродную сестру Антона Павловича Чехова — Елену, дочь дяди Митрофана Егоровича. Обряд с дьяконом Софроном Харламовым совершил священник Иоанн Якимовский. Одна из многочисленных дочерей Блонских — Виктория, в 1892 году бракосочеталась с псаломщиком Михайловской церкви Федором Михайловичем Грановским.
Приход церкви являлся самым многочисленным в городе. Расположенный в районе железнодорожного вокзала, храм посещали многочисленные верующие из ближайших сел и городского района Собачеевки, примыкавшего к церкви. В 1922 году в доход государства из церкви изъяли церковную серебряную утварь, ризы с иконами; в 1923 году храм опечатали, а затем разобрали. При этом кирпич использовали для строительства клуба машиностроения – первого здания в стиле конструктивизм в Таганроге. На месте же храма был построен молокозаводзавод (ул. Октябрьская, 33).